Фильм «Иуда и чёрный мессия» переносит зрителя в напряжённую атмосферу Америки конца 1960-х, где борьба за гражданские права обретает радикальные формы. Главный герой, Уильям О'Нил — мелкий преступник из Чикаго, чья жизнь резко меняется после ареста за угон автомобиля с поддельным удостоверением ФБР. Перед ним стоит жёсткий выбор: тюрьма или сотрудничество с федералами.
Фильм представляет собой напряжённый психологический триллер, действие которого разворачивается в изолированной сельской местности. Сюжет фокусируется на двух параллельных линиях: страданиях маленького Мартина Бристола, похищенного и запертого маньяком, и переезде подростка Элисон к своему дяде в тот же район.