Германия, 1945 год. Страна лежит в руинах, но в сердце молодого инженера Эмиля Якоба живет яркая надежда. Он без памяти влюблен во французскую танцовщицу Милу, которая,alas, должна вернуться в Париж. Шансов вернуть её нет — пока Эмиль не находит неожиданное решение. Устроившись на легендарную киностудию «Фабрика грёз», он решает снять собственный фильм и главную роль в нём предложить Миле.
Фильм «Эон Флакс» переносит зрителя в мрачное постапокалиптическое будущее, где в 2015 году вирус почти истребил человечество. Остатки цивилизации сконцентрированы в изолированном мегаполисе Брейниа, управляемом авторитарным правительством и корпорацией «Монодиффузия», контролирующей производство лекарств.