Действие разворачивается в мире, который так и не оправился от шока первого контакта. Неизвестный вирус, появившийся спустя пятнадцать лет после масштабного вторжения, ставит под угрозу хрупкое перемирие между оставшимися friendly гибридами и человечеством. В этом напряжённом контексте появляется Роуз Корли — уникальная мутант, рождённая уже в космосе на борту инопланетного корабля.
«Скайлайн 2» — масштабное научно-фантастическое продолжение, переносящее зрителя из городского апокалипсиса в глубины инопланетной угрозы. История начинается с того, что детектив Марк Корли, пытаясь выручить из-под ареста своего сына Трента, становится свидетелем беспощадного нашествия. Тысячи людей безжалостно поднимаются в небо, а обычная жизнь рушится в считанные минуты.