Фильм «В списках не значился» переносит зрителя в самый первый день Великой Отечественной войны — 22 июня 1941 года. Главный герой, молодой лейтенант Николай Плужников, полон надежд и отправляется в Брестскую крепость по полученному назначению. Ошеломлённый суетой вокзала и потоком эвакуирующихся, он спешит к месту службы, но бюрократические процедуры затягиваются.
Действие разворачивается в недалеком будущем, где повседневность жителей Владивостока неожиданно сталкивается с космической угрозой. Главная героиня — пятнадцатилетняя Лера Арабова, чья жизнь разделена на две части: земную, сchool, друзьями и заботами, и отдаленную, абстрактную связь с отцом. Он много лет работает на орбитальной космической станции, и для Леры он давно превратился в лишь в...