После прошлых столкновений с мутантами в Нью-Йорке наступает час испытаний для Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэля. Злодей Шреддер, воспользовавшись помощью профессора Стокмана и клана Фут, разрабатывает грандиозный план побега, который должен осуществиться во время транспортировки. Благодаря предательству ученого и созданному им порталу, мутировавший Шреддер получает возможность...
В один безоблачный день небо внезапно озаряет необъяснимая световая вспышка. Навигационные системы отказывают, и два пассажирских лайнера оказываются на курсе столкновения. Опытный авиадиспетчер Дилан, действуя на пределе возможностей, успевает развести их маршруты, спасая сотни жизней. Но с этого момента реальность вокруг него начинает трещать по швам.