Фильм «Трудный путь» погружает в мир бывшего спецназовца Джейкоба, чья жизнь рушится, когда он получает известие о гибели младшего брата. Тот погиб во время секретной операции в Румынии, официальная версия — несчастный случай. Но Джейкоб, знающий брата как идеалиста и блестящего оперативника, не верит в случайность. Он отказывается принимать официальные выводы и решает сам докопаться до истины.
Действие разворачивается в 1952 году в суровом и отдалённом румынском монастыре, где тишина нарушена трагической гибелью одной из сестёр. Подобное происшествие не может остаться без внимания Ватикана, и на место отправляется необычная пара: отец Бёрк, священник, чьё прошлое окутано тайнами и сомнениями, и сестра Ирен, молодая послушница, стоящая на пороге принятия вечных обетов.