Конец XX века ознаменовался глобальной катастрофой — смертельной чумой, которая практически уничтожила цивилизацию. Остатки человечества скрылись в укреплённых анклавах, а наука стоит на грани исчезновения. В изолированной лаборатории в Атланте группа отчаянных учёных делает последнюю попытку создать универсальное лекарство.
«Робот-ниндзя» — это культовая картина независимого американского кинематографа конца 80-х, которая превратила скромный low-budget проект в настоящую икону жанра. Сюжет вращается вокруг талантливого, но неудачливого художника комиксов, чей творческий проект — бесстрашный Робот-ниндзя — обретает плоть.
Доктор Джек Хаммонд — блестящий, но погруженный в работу кардиохирург, чья карьера затмила личную жизнь. Его сын Крис, подросток, чувствует себя глубоко одиноким и отвергнутым. Их разобщенность кажется непреодолимой, пока случайное смешение древнего индейского эликсира не приводит к фантастическому происшествию: сознания отца и сына меняются местами.