Инопланетная угроза приходит на Землю в облике безжалостного существа, прибывшего из глубин космоса. Его цель — полное подчинение планеты, и для этого он использует чудовищную способность: проникать в тела людей, вытесняя их сознание, и бесконечно размножаться, создавая сеть невидимых захватчиков. Города погружаются в панику, потому что враг среди нас — невозможно отличить обычного человека от...
После трагических событий предыдущего фильма капитан Керк находится на грани отчаяния: он потерял своего первого офицера и друга Спока, а его верный врач Мак-Кой, спасшийся ценой собственного разума, находится под арестом. Надежда возникает с неожиданного визита отца Спока, Зарека, который раскрывает шокирующую правду — сознание Спока было перенесено в тело Мак-Коя перед его гибелью.