В изолированной общине, скрытой от внешнего мира, живут брат и сестра. Их жизнь подчинена строжайшим правилам и безусловному подчинению верховному гуру, чья власть абсолютна. Когда сестре неожиданно дарят шанс войти в высший круг — привилегию, о которой другие могут только мечтать, — её брат воспринимает это как угрозу. Он видит в предложении не честь, а ловушку, разрывающую их связь.
Действие разворачивается в Германии XVII столетия, опустошённой Тридцатилетней войной и эпидемией чумы. Оставшись без родителей, тринадцатилетний Крабат, голодный и одинокий, случайно находит приют на заброшенной мельнице. Её хозяин, загадочный Мастер, принимает мальчика как ученика, но вскорите обучаемый понимает, что учится здесь не обычному ремеслу.