После событий первой части талантливый, но неудачливый нейробиолог Пьетро всё ещё отбывает срок, однако тюрьма ему не страшна — он чувствует себя там как дома. Когда к нему обращаются полицейские с неожиданным предложением о сотрудничестве, Пьетро понимает, что его уникальные знания снова востребованы.
В 1327 году, в мрачных залах богатого бенедиктинского монастыря на севере Италии, разворачивается история, где вера сталкивается с разумом, а тайна — со смертью. Молодого и наивного послушника Адсо von Baskerville вверяют наставление опытному францисканскому монаху Вильяму Баскервильскому, известному своим острым умом и навыками логического анализа.