Действие разворачивается в разрушенном мире Спайра — городе, парящем над руинами цивилизации, где техника соседствует с магией, а богатые жители Ирода живут в небесных небоскрёбах, в то время как простолюдины влачат существование в мрачных подвалах. Главная героиня, Алита, пробуждается как киборг без воспоминаний, но с reflexes элитного бойца.
