Действие разворачивается в будущем, где Соединенные Штаты пережили ядерный удар и распались на разрозненные, враждующие общины. На этом фоне кипит жестокая борьба за выживание под властью безжалостного генерала Бетлехема. Судьба меняется для бездомного артиста, когда он находит старую почтовую форму и сумку с письмами.
Фильм «Академия ниндзя» — это яркая и беззаботная комедия боевых искусств, которая смотрит на мир ниндзя с иронией и юмором. Действие разворачивается вокруг пары непохожих друг на друга наставников: строгого японского мастера и харизматичного, но неуклюжего американца. Их объединяет лишь одно — желание заполучить легендарные золотые нунчаки, передаваемые из поколения в поколение сильнейшим воинам.