В этом анимационном фильме от 1999 года знаменитая команда сыщиков-любителей — Фред, Даг, Велма, Шэги и их верный пёс Скуби-Ду — оказывается в centre загадочных событий. Их новым знакомым становится Бен Рэйвенкрофт, популярный писатель, специализирующийся на романах ужасов. Он приглашает друзей в свой родной городок, чтобы разделить с ними атмосферу традиционного осеннего Праздника урожая.
После возвращения с Вулкана команда «Энтерпрайза» сталкивается не с трибуналом, а с куда более серьёзной проблемой: к Земле приближается огромный инопланетный корабль, чьи сигналы угрожают планете. Анализ показывает, что причина кризиса — исчезновение китов, чей песнь важен для баланса космических сил.