Четвёртая часть культовой саги возвращает нас в мир, где граница между симуляцией и реальностью тоньше, чем когда-либо. Нео, чья память стёрта, теперь Томас Андерсон — успешный геймдизайнер, создавший по мотивам своих снов трилогию «Матрица». Он принимает таблетки от тревог, ходит к терапевту и убедил себя, что его странные галлюцинации — всего лишь продукт воображения.
После счастливого брака с Томом, успешная юристка Клэр Клейн получает шокирующее известие: её муж на протяжении многих лет был тайным агентом военной разведки под прикрытием. Теперь его арестовали и предъявили обвинение в убийстве мирных жителей во время беспорядков в Сальвадоре в 1988 году. Уверенная в невиновности любимого человека, Клэр решает стать его защитницей.