Лукас — обычный мальчик, который переехал в новый город и стал объектом насмешек со стороны местного хулигана. В отместку он разрушает муравейники во дворе, не подозревая, что под ногами у него целая цивилизация. Его жестокость не остаётся незамеченной: муравьи, возглавляемые Волшебником Зоком, готовы дать отпор.
Когда в мирном Ретровилле инопланетяне похищают всех взрослых, жизнь детей превращается в хаос. Беззаботные каникулы внезапно обрываются, и только отважный Джимми Нейтрон, мальчик-изобретатель, решает взять ситуацию в свои руки. Он не просто собирает команду из лучших друзей — он проектирует и строит целый эскадр межгалактических кораблей, превращая скромный гараж в космическую верфь.