Фильм «Агора» переносит зрителя в Александрию начала V века, в переломный момент истории, когда могущественная Римская империя теряет контроль над Востоком, а на её обломках возвышается новое явление — христианство. В эпицентре этих глобальных потрясений оказывается реальная историческая личность — Гипатия, выдающийся философ, математик и астроном, возглавляющая знаменитую Александрийскую школу.
Действие разворачивается в мрачном городке оккупированной нацистами Польши, где после «фильтрации» практически не осталось евреев. В одной из полуразрушенных квартир, за стеной шкафа, скрывается десятилетний Алекс. Его мир ограничен комнатой, где отец и дядя Барух пытаются уберечь мальчика от ужасов внешней реальности.