Продолжение истории знаменитого водопроводчика в новом масштабном приключении. После победы над Боузером и спасения Бруклина Марио, кажется, может наконец отдохнуть. Однако спокойствие длится недолго — возникает новая, ещё более опасная угроза. Злобный и амбициозный Варио объединяет силы с Боузером-младшим, создавая коварный альянс, ставящий своей целью мировое господство.
Обычная жизнь братьев Марио и Луиджи, работающих водопроводчиками в Нью-Йорке, рушится в одно мгновение, когда они случайно попадают через магический портал в яркий и опасный Mushroom Kingdom. Этот фантастический мир, населённый говорящими грибами и невероятными существами, оказывается на грани падения: могущественный дракон Боузер похитил принцессу Пич и угрожает всему королевству.