Фильм «В списках не значился» переносит зрителя в самый первый день Великой Отечественной войны — 22 июня 1941 года. Главный герой, молодой лейтенант Николай Плужников, полон надежд и отправляется в Брестскую крепость по полученному назначению. Ошеломлённый суетой вокзала и потоком эвакуирующихся, он спешит к месту службы, но бюрократические процедуры затягиваются.
В советской реальности, где психушки иногда служили инструментом для уклонения от армии или нежелательных социальных обязательств, молодой студент-филолог Александр делает сознательный шаг. Он приезжает в провинциальную психиатрическую больницу с четкой целью — собрать материал для своего будущего романа, наблюдая за жизнью пациентов и персонала.