Мировая безопасность оказывается под угрозой, когда Зартан, тайно захвативший власть в США, устраивает масштабную провокацию. Под предлогом кражи ядерной боеголовки он приказывает нанести авиаудар по собственному элитному отряду G.I. Joe во время операции в Пакистане. Эта коварная акция официально объявляет бойцов государственными преступниками.
