В стенах вымышленной католической школы Святой Лилианы, основанной в начале XX века, живёт особая традиция — «система сестёр». Каждая старшекурсница берёт под опеку первокурсницу, становясь для неё наставницей и старшей сестрой. Управление школой сосредоточено в руках совета Ямаюрикай, трёх выдающихся учениц, носящих титулы Роз: Хиненсис, Фетида и Гигантея.
В эпоху феодальной Японии провинция Ямасиро охвачена смертельной чумой, заставляющей жителей в панике покидать свои дома. В эту хаотичную обстановку вторгаются остатки клана ниндзя Кога, посланные соседним самурайским кланом Мотидзукэ для разведки. Их миссия мгновенно превращается в кровавую бойню: отряд уничтожают существа невероятной силы, и лишь девушке-ниндзя Кагэро удаётся спастись...