Действие разворачивается на мрачном острове Святого Леонарда, где расположена строгая тюрьма для самых опасных преступников. Под предлогом лечения там проводятся жестокие и неэтичные медицинские эксперименты над заключенными. Один из рискованных проектов выходит из-под контроля, запуская цепную реакцию.
В далёком будущем, следуя за таинственными артефактами, найденными в разных частях Земли, команда учёных и исследователей на корабле «Прометей» устремляется к краю известной галактики. Их цель — найти так называемых «Инженеров», предполагаемых создателей человеческой расы, и получить ответы на фундаментальные вопросы: кто мы и зачем появились на свет.