Япония 1878 года. Десять лет спустя после подавления восстания самураев в войне Босин страна стремительно меняется. Западные обычаи вытесняют древние традиции, сословие самураев официально распущено, а ношение катаны — под угрозой смертной казни. В этом мире, где честь стала бесполезна, а меч — преступлением, живёт бывший самурай Сюдзиро Сага.
Аниме «Ая и ведьма» рассказывает историю необычной девочки, живущей в приюте Святого Морвальда. Несмотря на отсутствие родительской ласки, десять летняя Ая считает себя счастливой — любое её желание, стоит лишь захотеть, чудесным образом сбывается. Этот идиллический период резко заканчивается, когда странная дама по имени Белла Яга решает удочерить Аю.
Действие разворачивается в бурную эпоху Сэнгоку, когда Япония охвачена междоусобицами. Замок Куроды, считавшийся неприступной крепостью, три месяца держит осаду войск Тоётоми Хидэёси. Его командир, известный как Курода Канбэи, прославился как один из самых даровивых тактиков своего времени. Несмотря на героическую оборону, он осознаёт неизбежность объединения страны под властью сильного правителя.