Фильм «Темные воды» основан на шокирующей реальной истории адвоката Роберта Билотта, который в конце 1990-х взялся за дело, казавшееся безнадежным. Жители небольшого городка в Западной Вирджинии столкнулись с таинственной болезнью скота и странными заболеваниями у себя. Билотт, представлявший интересы фермера, начинает копать глубже и обнаруживает, что химический гигант DuPont с 1950-х годов...
Одарённый студент, с детства погружённый в тему неопознанных летающих объектов, обнаруживает странные аномалии в радиоперехватах нескольких крупных аэропортов. Убеждённый, что это следы внеземного присутствия, он начинает собственное расследование, углубляясь в закрытые архивы и сетевые базы данных. Однако его упорные поиски не остаются незамеченными.