После событий первой части жизнь в Музее естественной истории продолжает кипеть в привычном хаосе. Скелет тираннозавра бегает по коридорам, миниатюрные ковбои и римские легионеры ссорятся, а Теодор Рузвельт размышляет о жизни, пытаясь наладить личную жизнь. Охранник Ларри, уже свыкшийся с этим сумасшествием, получает шокирующую новость: все экспонаты его музея, включая его верных друзей,...
Когда хозяева двух собак и очаровательной кошечки Сэсси вынуждены временно расстаться с питомцами, те оказываются на удалённом ранчо. Но животные, привыкшие к любви и заботе, вскоре начинают тревожиться: не случилось ли что с их семьёй? Приняв решение самостоятельно найти дорогу домой, веселая троица стартует в путь, который окажется настоящим испытанием на прочность.
Знакомьтесь с Кермитом и Фоззи, которые, вопреки всем ожиданиям, оказываются близнецами и получают работу в американской газете. Их первое задание — самое рискованное: выяснить, кто украл драгоценности у знаменитой леди Холлидей, королевы моды. Репортёры отправляются в Лондон, где их ждёт целая коммуна весёлых маппетов, готовых помочь в расследовании. Однако преступники уже действуют.