Конец 1960-х — эпоха жёсткого противостояния в ходе Холодной войны, где Корейский полуостров остаётся одним из самых накалённых плацдармов. Разделённая на два враждебных государства страна ведёт тотальную информационную и оперативную борьбу, где каждый успех или провал имеют глобальные последствия. Именно в этом контексте разворачивается напряжённая история, основанная на реальных событиях.
Детская травма навсегда определила судьбу Джейка. В Японии на его глазах убили мать, работавшую проституткой, и виновники так и не понесли наказания. Годы спустя, отбыв срок в тюрьме, он получает шокирующее предложение от агента Интерпола: внедриться в клан якудза, похитивший дочь этого самого агента.
Япония, полная разрушений после Второй мировой войны. В этой атмосфере хаоса и отчаяния американский военнопленный Ник совершает неожиданный поступок — вынимает из петли повешенного якудза по имени Киёси. Этот акт милосердия становится для Ника билетом в опасный мир японской организованной преступности. Освобождённый в долг, Киёси даёт ему работу, сразу же связанную с самыми грязными делами клана.
Действие разворачивается в безжалостном мире японской организованной преступности, где старые традиции якудза сталкиваются с новыми методами захвата власти. После смерти верховного босса несколько кланов вступают в ожесточённую борьбу за расположение преемника, не гнушаясь заговоров, лжи и физического устрашения.
Фильм «Синоби» переносит зрителя в Японию начала XVII века, в эпоху смуты, когда власть сосредоточилась в руках первого сёгуна Токугавы Иэясу. На фоне политических интриг и жёсткого подавления ниндзя, два последних оплота кланов — Кога и Ига — оказываются на грани полного уничтожения. Их единственная надежда — Генносукэ из Кога и Оборо из Ига, талантливые воины, судьбы которых переплетаются не...