«Питер Пэн и Алиса в стране чудес» — это поэтичная и глубокая переосмысленная предыстория двух вечных сказок, которая показывает, что самое настоящее волшебство часто прорастает из реальной почвы. Действие разворачивается в викторианской Англии, где в семье Льюис живут двое детей: мечтательная, немногословная Алиса и её старший брат Питер, полный неугомонной энергии.
Вторая часть приквела о загадочном магическом мире США 1920-х годов разворачивается после ареста главного антагониста. Однако тёмный волшебник Геллерт Грин-де-Вальд не смиряется с участью узника и施展вает хитроумный план, чтобы возобновить борьбу за господство волшебников над людьми. Его побег становится сигналом к расколу в магическом сообществе, где союзники и родственники вынуждены делать...