История начинается в тихом районе Токио, где обычная школьница Аманда Шаффлап ведёт размеренную жизнь, окружённая своими родителями и школьными заботами. Её тайный спутник — воображаемый друг Раджер, существующий только для неё. Этот хрупкий мир рушится, когда в их доме появляется мистер Бантинг — загадочный охотник, специализирующийся на поимке и уничтожении воображаемых существ.
Аниме «Ая и ведьма» рассказывает историю необычной девочки, живущей в приюте Святого Морвальда. Несмотря на отсутствие родительской ласки, десять летняя Ая считает себя счастливой — любое её желание, стоит лишь захотеть, чудесным образом сбывается. Этот идиллический период резко заканчивается, когда странная дама по имени Белла Яга решает удочерить Аю.