Действие картины разворачивается в 1994 году, перенося зрителей в эпоху, предшествующую событиям основной франшизы. История фокусируется на двух людях, чьи пути неожиданно пересекаются с тайной, способной изменить ход человеческой истории. Елена Уоллес, увлеченная археологией стажерка музея, и Ной Диас, бывший военный, специализирующийся на электронике, оказываются в центре столкновения двух...
Знакомые по первому фильму гости нью-йоркского зоопарка — амбициозный лев Алекс, неунывающая зебра Марти, тревожный жираф Мелман и жизнерадостная бегемотиха Глория — после рискованного побега с тропического острова снова оказываются в беде. Их самолет терпит крушение, и компания вынуждена искать спасение в сердце Африки, где для каждого найдутся свои испытания.