Действие разворачивается спустя тринадцать лет после событий первой части. Полковник Насименту, разведённый и теперь возглавляющий элитное спецподразделение военной полиции BOPE, сталкивается с новой эпохой, где классическая война с уличными бандами перерастает в сложную борьбу с разветвлённой криминальной системой.
«Город бога 2» — это самостоятельная, но тесно связанная с культовым оригиналом история, переносящая зрителя в те же бразильские фавелы спустя годы. Действие разворачивается вокруг двух подростков, Ацероллы и Лараниньи, чьи 18-летие должно стать рубежом. Первый пытается справиться с ролью отца в нестабильной реальности, второй — с отчаянным поиском своего биологического отца.