В мире, где параллельно с обычной жизнью существует скрытая реальность, обитают Муши — древние, невидимые большинству существа, напоминающие скорее силы природы, чем животных. Они не злы и не добры, но их присутствие может нарушить тонкий баланс человеческой жизни. Те, кто способен их видеть и понимать, становятся Муси-ши, или «мастерами Муши». Главный герой, Гинко, — один из них.
«Стальная тревога! Новый рейд» (Full Metal Panic! The Second Raid) — это долгожданный третий сезон культового аниме-сериала, который возвращает зрителя к ключевой сюжетной арке, начатой в первом сезоне и продолженной в полнометражном фильме. Действие разворачивается после событий фильма «Стальная тревога!
Действие разворачивается в 1864 году, в эпоху бурных перемен, предшествующих Реставрации Мэйдзи. После гибели родителей два брата, Тэцуносукэ и Тацуносукэ Итимура, находят пристанище в рядах Синсэнгуми — элитного самурайского полка, охраняющего порядок в Киото и поддерживающего сёгуна. Старший брат Тацу принимает дисциплину отряда, а младший, Тэцу, прозванный просто «Тэцу», горит жаждой мести...