Фильм «Ямато» — это глубокое размышление о памяти, трагедии войны и поиске исторической правды, основанное на реальных событиях. Действие разворачивается в современной Японии, где молодая женщина Макико Утида приезжает в южный порт с одной целью: найти легендарный линкор «Ямато», ставший символом эпохи и личной утраты.
1870-е годы. Япония находится на перепутье: старая империя самураев с её кодексом чести и традициями отступает перед натиском современной цивилизации и западных технологий. В этот переломный момент в страну прибывает Нейтан Олгрен — опытный, но внутренно сломленный капитан армии США, нанятый для обучения императорских войск новым методам ведения войны.