В современном Нью-Йорке, погруженном в тень преступности и коррупции, возникает новая надежда. Из подземелий города появляются четверка необычных героев — братья-черепахи Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль, обученные искусству ниндзюцу мудрым крысом-наставником Сепплайном. Их миссия — защитить невинных, но для этого им предстоит сойтись в решающей схватке с безжалостным Шреддером и...
Мировая безопасность оказывается под угрозой, когда Зартан, тайно захвативший власть в США, устраивает масштабную провокацию. Под предлогом кражи ядерной боеголовки он приказывает нанести авиаудар по собственному элитному отряду G.I. Joe во время операции в Пакистане. Эта коварная акция официально объявляет бойцов государственными преступниками.
Американское правительство десятилетиями скрывало правду о миссии «Аполлон-11». 20 июля 1969 года астронавты обнаружили на Луне не просто камень, а обломки корабля автоботов и останки роботов. Эта находка была засекречена, но спустя сорок лет тайна «Тёмной стороны Луны» всплывает, нарушая хрупкое перемирие между людьми и авто-ботами.