В день церемонии вручения аттестатов в школе Катагири, где прощальные речи уже сказаны, главные герои — Кёко Хори и Идзуми Миямура — вместе с близкими друзьями не спешат расходиться. Они остаются в стенах, которые стали для них вторым домом, и погружаются в поток общих воспоминаний. Каждый эпизод — это отдельный «фрагмент» из их школьной жизни: от первых неловких встреч и скрытых сторон...
Аниме-сериал «Шарлотта» переносит зрителя в мир, где у определённых подростков проявились уникальные и часто непрактичные паранормальные способности. Главный герой, Ю Отосака, обладает одной из таких сил, но предпочитает жить незаметно, используя её лишь для личной выгоды и сохраняя видимость обычного школьника.