После событий первой части талантливый, но неудачливый нейробиолог Пьетро всё ещё отбывает срок, однако тюрьма ему не страшна — он чувствует себя там как дома. Когда к нему обращаются полицейские с неожиданным предложением о сотрудничестве, Пьетро понимает, что его уникальные знания снова востребованы.
Фильм «Империя Святого Петра» (2005) погружает в ранние дни христианства, сосредотачиваясь на одном из самых противоречивых и важных персонажей Нового Завета — апостоле Петре. Картина тщательно исследует его человеческую слабость: в момент величайшего испытания, преследования последователей распятого Учителя, Петр трижды отрекается от Христа, подчиняясь страху.