После событий первой части жизнь в Музее естественной истории продолжает кипеть в привычном хаосе. Скелет тираннозавра бегает по коридорам, миниатюрные ковбои и римские легионеры ссорятся, а Теодор Рузвельт размышляет о жизни, пытаясь наладить личную жизнь. Охранник Ларри, уже свыкшийся с этим сумасшествием, получает шокирующую новость: все экспонаты его музея, включая его верных друзей,...
Рик Джармин уже пятнадцать лет живёт под вымышленной личностью, встроенный в специальную программу защиты свидетелей ФБР. Его спокойная, тщательно выстроенная новая жизнь рушится в одно мгновение, когда на улице его замечает Мэриэнн Грэйвз — женщина, которую он любил много лет назад и бросил, чтобы скрыться.