Фильм «Красная фракция: Происхождение» переносит зрителя в суровую атмосферу Марса, где борьба за ресурсы и независимость не утихает. Сюжет сосредоточен на Джейке Мэйсоне, сыне легендарного лидера восстания Алека Мэйсона. Его мир рушится, когда появляется информация, что его сестра Лира, похищенная в детстве, не погибла, а стала частью вражеской машины.
Спецагент ФБР Малкольм Тёрнер, мастер перевоплощений, собирался оставить опасную работу ради семьи и ожидания первенца. Но новость об убийстве его бывшего напарника, связанном с делом о разработке вируса для террористов, заставляет его вернуться в строй. Подозрения падают на состоятельного бизнесмена Тома Фуллера, и единственный способ добраться до правды — проникнуть в его дом изнутри.