Фильм переносит зрителя в африканскую глушь, куда прибывает американский спецназовец. Его миссия резко прерывается масштабным вторжением высокотехнологичных пришельцев, атакующих планету. Главный герой теряет сознание в хаосе битвы. Он приходит в себя в камере заброшенного полицейского участка, запертый и лишённый воспоминаний о себе и о том, как сюда попал.
Фильм «Район №9» предлагает радикально новый взгляд на контакт с внеземным разумом. Вместо грандиозного вторжения или технологического прорыва зритель сталкивается с громоздкой, будничной проблемой: десятки тысяч инопланетных беженцев, чей корабль-ковчег беспомощно застрял над Южно-Африканской Республикой.