Аниме «Ая и ведьма» рассказывает историю необычной девочки, живущей в приюте Святого Морвальда. Несмотря на отсутствие родительской ласки, десять летняя Ая считает себя счастливой — любое её желание, стоит лишь захотеть, чудесным образом сбывается. Этот идиллический период резко заканчивается, когда странная дама по имени Белла Яга решает удочерить Аю.
Когда Такада получает видеокассету с последней поездкой своего умирающего сына, он находит в ней не просто записи, а ключ к примирению. Сын, с которым он много лет находится в ссоре, мечтал снять оперу «Одинокая поездка за тысячи миль» в месте её рождения — в юннаньской глубинке. Не в силах поговорить с сыном напрямую, старик решает исполнить его мечту сам.