Американские братья Рокки, Колт и Там-Там вместе с дедушкой-мастером ниндзюцу Мори переносятся в Японию, где сталкиваются с чередой загадочных событий. Старший брат Рокки вынужден временно оставить свои школьные обязанности, чтобы помочь младшим в этом нелёгком деле. По сюжету, дедушка Мори оказывается втянут в конфликт с влиятельной японской корпорацией, которая пытается захватить древний храм.
В центре истории — трое братьев: Сэм, Джей-Джей и Майкл, ведущие обычную жизнь американских школьников, но по ночам становясь учениками своего дедушки Мори Танаки, мастера ниндзюцу. Их тайное обучение выходит на первый план, когда в их город прибывает Хьюго Снайдер — безжалостный бизнесмен и давний враг дедушки, разыскиваемый ФБР.