Фильм «Академия ниндзя» — это яркая и беззаботная комедия боевых искусств, которая смотрит на мир ниндзя с иронией и юмором. Действие разворачивается вокруг пары непохожих друг на друга наставников: строгого японского мастера и харизматичного, но неуклюжего американца. Их объединяет лишь одно — желание заполучить легендарные золотые нунчаки, передаваемые из поколения в поколение сильнейшим воинам.
Действие разворачивается в Калифорнии, где бывший наркобарон Мак МакКьюссик, возможно, оставил криминальное прошлое и пытается вести законную жизнь. Однако его старая слава и связи не дают покоя: за ним начинают охоту как федеральные агенты, так и бывшие сообщники, считающие его предателем. В этом опасном водовороте Мак оказывается между двух огней, пытаясь сохранить не только свободу, но и...