После событий сериала «Звездные врата: SG-1» команда исследователей сталкивается с новой глобальной угрозой. Орайи, древняя раса оккупантов, планируют использовать скрытые суперврата, чтобы направить на Землю свою мощную армаду и стереть человечество с лица галактики. Единственная надежда — легендарный артефакт под названием Ковчег Истины, обладающий силой, способной навсегда обезвредить армию...
Спустя годы после ухода из ФБР Малдер и Скалли живут уединённой жизнью, пытаясь оставить позади мир паранормальных расследований. Их тихий уклад рушится, когда в Вашингтоне без вести пропадает молодая агент ФБР, и бывшие начальники, не находя других путей, обращаются именно к ним. Расследование ведёт их к Джозефу Криссману — пожилому мужчине, отбывшему срок за совращение детей, который теперь...