После трагических событий предыдущего фильма капитан Керк находится на грани отчаяния: он потерял своего первого офицера и друга Спока, а его верный врач Мак-Кой, спасшийся ценой собственного разума, находится под арестом. Надежда возникает с неожиданного визита отца Спока, Зарека, который раскрывает шокирующую правду — сознание Спока было перенесено в тело Мак-Коя перед его гибелью.
