После прошлых столкновений с мутантами в Нью-Йорке наступает час испытаний для Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэля. Злодей Шреддер, воспользовавшись помощью профессора Стокмана и клана Фут, разрабатывает грандиозный план побега, который должен осуществиться во время транспортировки. Благодаря предательству ученого и созданному им порталу, мутировавший Шреддер получает возможность...
После четырёх лет разлуки, проведённых мужем Эмили в тюрьме, их воссоединение омрачается тяжёлой депрессией женщины. В отчаянной попытке справиться с состоянием она соглашается на курс нового антидепрессанта, прописанный её врачом, но сам препарат ей посоветовал коллега по работе. Лечение даёт мгновенный и впечатляющий эффект, однако вскоре наступает роковая «побочная реакция» — необъяснимая...