Действие разворачивается в мрачном и перегруженном технологиями мегаполисе Найт-Сити, где импланты и кибернетические улучшения стали неотъемлемой частью жизни, а социальное неравенство достигает крайних форм. Главный герой, Дэвид Мартинес, — талантливый, но скромный парень из бедного района, чья мать делает всё, чтобы он учился в элитной академии.
В конце 1990-х в Токио происходит серия самоубийств, на первый взгляд не связанных между собой, но объединённых жутким сходством: все жертвы погибают, спрыгнув со здания Фудзё. Это заставляет Сики Рёги, молодую woman с уникальными «глазами смерти», видящими линии и точки смерти, заподозрить сверхъестественное вмешательство.
Действие разворачивается через несколько столетий после глобальной катастрофы, почти уничтожившей человечество. Остатки цивилизации живут в страхе перед новыми хозяевами планеты — вампирами-метаморфами, которые создали теократическое государство и правят через гильдию алхимиков. Среди них выделяется Авель Ночной охотник, монах-дипломат, служащий послом от Ватикана в империи Империум.