Действие разворачивается в мире, который так и не оправился от шока первого контакта. Неизвестный вирус, появившийся спустя пятнадцать лет после масштабного вторжения, ставит под угрозу хрупкое перемирие между оставшимися friendly гибридами и человечеством. В этом напряжённом контексте появляется Роуз Корли — уникальная мутант, рождённая уже в космосе на борту инопланетного корабля.
«Скайлайн 2» — масштабное научно-фантастическое продолжение, переносящее зрителя из городского апокалипсиса в глубины инопланетной угрозы. История начинается с того, что детектив Марк Корли, пытаясь выручить из-под ареста своего сына Трента, становится свидетелем беспощадного нашествия. Тысячи людей безжалостно поднимаются в небо, а обычная жизнь рушится в считанные минуты.
Джимми Ливингстон — единственный в мире человек, чей иммунитет не способен бороться даже с самыми безобидными микробами. С самого рождения его существование ограничено герметичным пузырем из прозрачного пластика, где каждый контакт с внешним миром смертельно опасен. Эта изолированная, но безопасная жизнь кардинально меняется, когда он влюбляется в соседку Хло.