Фильм раскрывает малоизвестные главы вселенной «Звёздного крейсера «Галактика»», фокусируясь на судьбе корабля «Пегас» и его команды. Действие разворачивается в три ключевых временных отрезка. Первая линия переносит в эпоху первой Сайлонской войны, где молодой Уильям Адама, будущий капитан «Галактики», сталкивается с чудовищным секретным оружием противника.
Сериал-перезагрузка классического фантастического эпика, где тотальная война с роботами-Сайлонами привела к почти полному уничтожению человечества. Уцелевшие колонисты, объединённые в флот под защитой последнего боевого корабля — Звёздного крейсера «Галактика», — вынуждены бегать от преследователей и искать мифическую Землю, последнюю надежду на спасение.
Созданные людьми в качестве слуг, киборги-сайлоны развязали против своих создателей жестокую войну, почти стерев с лица галактики всю человеческую цивилизацию. Единственным уцелевшим боевым кораблем становится устаревший звездолёт «Галактика», случайно избежавший тотального уничтожения в момент нападения.