Фильм «Красная фракция: Происхождение» переносит зрителя в суровую атмосферу Марса, где борьба за ресурсы и независимость не утихает. Сюжет сосредоточен на Джейке Мэйсоне, сыне легендарного лидера восстания Алека Мэйсона. Его мир рушится, когда появляется информация, что его сестра Лира, похищенная в детстве, не погибла, а стала частью вражеской машины.
Спокойная жизнь обычного офисного планктона Купера рушится в одно мгновение. Опоздав на работу и получив увольнение, он выходит из здания, чтобы столкнуться с чем-то невообразимым — жутким звуком, лишившим его сознания. Очнувшись в коконе из липкой паутины среди мертвых (или почти мертвых) бывших коллег, герой осознаёт, что привычный мир рухнул.