Действие разворачивается в годы Великой Отечественной войны, в порту, захваченном немецкими войсками и превращённом в укреплённую базу. Несмотря на чёткий порядок и жестокие репрессии, установленные комендантом — опытным и беспощадным военачальником Рейнхардтом, — порт постоянно потрясают точечные взрывы: гибнут военные корабли, танкеры с горючим, суда с продовольствием.
«Полосатый рейс» — это яркий и добрый пример советского семейного кино, мастерски сочетающего комедийные ситуации с элементами приключенческого экшена. Действие разворачивается на борту советского теплохода, который везёт необычный и крайне опасный груз — клетки с тиграми и львами. Для сопровождения животных приставляют буфетчика, совершенно не prepared к подобной миссии.