Глубокий космос. Звездолёт «Элизиум» безмолвно скользит в пустоте, его системы отключены, а экипаж погружён в искусственный сон. Двое — матрос Боуман и офицер Павлов — внезапно просыпаются в запущенной камере. Вокруг — темнота, тишина и полная амнезия: кто они, зачем здесь, сколько прошло лет, — неизвестно.
2267 год. Человечество выживает на орбитальных станциях после экологической катастрофы, обративившей Землю в пустыню. Доктор Лаура Портман, мечтая о новой жизни на планете Рея, соглашается на рискованный контракт с корпорацией «Койпер». Её задание — дежурство на грузовом судне «Кассандра», совершающем автоматический рейс к отдаленной станции №42 и обратно.
Фильм «Эон Флакс» переносит зрителя в мрачное постапокалиптическое будущее, где в 2015 году вирус почти истребил человечество. Остатки цивилизации сконцентрированы в изолированном мегаполисе Брейниа, управляемом авторитарным правительством и корпорацией «Монодиффузия», контролирующей производство лекарств.