Второй сезон аниме-сериала «Мастер Муси» возвращает нас в Японию конца XIX века, на стыке древних традиций и натиска нового времени. Главный герой, Гинко, странник с седыми волосами и вечной сигаретой, вновь отправляется в путь. Его специальность — изучение муши, существ, существующих на границе материального и духовного, осязаемых лишь избранным.
В мире, где параллельно с обычной жизнью существует скрытая реальность, обитают Муши — древние, невидимые большинству существа, напоминающие скорее силы природы, чем животных. Они не злы и не добры, но их присутствие может нарушить тонкий баланс человеческой жизни. Те, кто способен их видеть и понимать, становятся Муси-ши, или «мастерами Муши». Главный герой, Гинко, — один из них.